Идея возвращения утраченных в период Смутного времени русских территорий возродилась в годы Северной войны (1700–1721). О событиях войны в Дудергофском баронстве известно немногое. Согласно некоторым данным, в Дудергофе («на Дудуровой мызе») в июле-августе 1702 года отряд пехоты шведского генерала А. Крониорта укрывался от русских войск под командованием П. М. Апраксина. Возможно, в качестве опорного пункта был использован шанец, построенный еще в шведское время. Вместе с тем, в отдельных сохранившихся сообщениях о военных действиях в Ингрии Дудергоф, наряду с Нотеборгом и Ниеном, назван важнейшим стратегическим пунктом, прикрывавшим основную дорогу Нарва — Ниен — Выборг.

После взятия шведской крепости Нотебург осенью 1702 года и крепости Ниеншанц весной 1703 года Петр I заложил в устье Невы Санкт-Петербург. Летом 1703 года и летом 1705 года русские армия и флот отбили нападение на новый город со стороны шведского флота. Во время одного из таких походов шведы сожгли в июне 1705 года Дудергофскую мызу, однако вскоре она была восстановлена.

На мызе бывал сам Петр Алексеевич. Сохранились письма, отправленные им из Дудергофа. Одно из них было адресовано А. Д. Меншикову и датировано 1 декабря 1707 годом: «…Еще Вас поздравляю подлинною жилою свинцовою, в которой есть и серебро, которую жилу я сам видел и своими руками ломал и пробовал… Еще посылаем здешний сыр; дай, Боже, Вам употреблять во здравие».

Одновременно в эти годы с восстановлением хозяйства и приемом государя на мызе проводились геологические изыскания: в 1708 году сюда был направлен рудокопных дел мастер Иоганн Фридрих Блиер, «дабы у прииску руд работать в Дудергофе».

Однако активное строительство Петербурга, а тем более усадебных дач вдоль берега Финского залива было невозможно, пока существовала угроза шведского нападения. Лишь после взятия в 1710 году Выборга, Кексгольма, Риги, Ревеля и других крупных шведских крепостей стали возможными хозяйственное освоение, промышленное производство, в том числе «обслуживание» новой столицы ресурсами, продуктами и товарами, а также безопасность проживания в новых местах русской знати и крестьянского населения.